L’ISSAT est une division au sein du Centre pour le contrôle démocratique des forces armées – Genève (DCAF).
L'ISSAT entretient des relations étroites avec les autres divisions du DCAF. Elle bénéficie du soutien administratif et logistique, ainsi que d'un accès au personnel, au savoir-faire et aux capacités de recherche du DCAF. Celui-ci, en contrepartie, bénéficie du savoir-faire et de l’expérience de l’ISSAT sur le terrain, de sa capacité à rassembler les bonnes pratiques et à dispenser des cours de formation.
Le Conseil de fondation du DCAF et son Comité directeur exercent un contrôle sur l'ISSAT à différents niveaux. Par exemple, le Comité de direction de l'ISSAT est rattaché au Conseil de fondation du DCAF, auquel il présente ses rapports d'activité. De plus, le Chef de l'ISSAT est un membre du Comité directeur du DCAF. Il présente le rapport d'activité de l'ISSAT au directeur du DCAF, ainsi qu'au Comité de direction de l'ISSAT. Le Directeur du DCAF contrôle également les demandes de budget de l'ISSAT afin de s'assurer qu'elles entrent bien dans le cadre des consignes du DCAF.
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